研究開発実績

内容一覧

田中 聡 研究開発実績

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受賞

  • ポスター賞 – 第56回質量分析総合討論会 2008 つくば

著書

特許

  • 特許第6060793号 – ピーク検出装置 – 登録日: 平成28年12月22日

開発実績

  • 遺伝子データベースシステム
    PHP (Laravel), Virtuoso (SPARQL), JavaScript, Docker
  • 遺伝子データベースシステム
    JavaScript(Node.js, React), Ruby, Virtuoso (SPARQL), Docker
  • 質量分析データ データベースシステム
    PHP, Virtuoso (SPARQL), Java (Spring)
  • タンパク質推定プログラム
    Java (Spring)
  • 臨床データベースシステム
    JavaScript (Ext JS), PHP, PostgreSQL
  • タンパク質自動同定プログラム
    Python
  • 画像解析ミドルウェア
    Python (Pyramid), JavaScript, SQLite
  • 生命科学データベースシステム
    Java, JavaScript, PHP, MySQL, Virtuoso (SPARQL)
  • 細胞外電気記録システム 解析ソフトウェア
    Java
  • 質量分析データ解析ツール (Mass++)
    C/C++ (OpenGL), C#, Java, PostgreSQL, SQLite, Python
  • 質量分析データ解析ツール
    C/C++ (MFC, DirectX, ActiveX)
  • 遺伝子ネットワーク解析ツール
    Java (Swing), C/C++ (MFC, OpenGL)
  • 遺伝子解析システム、SNP同定ツール
    Java (JSP, Servlet), Oracle
  • 遺伝子解析システム、バックアップツール
    C, Java (RMI, JSP, Servlet)

講師実績

  • 職業訓練校: Word, Excel
  • 職業訓練校: HTML/CSS, JavaScript, SQL, PHP
  • 職業訓練校: HTML/CSS, JavaScript, SQL, Java (Servlet)
  • 研修講師: HTML/CSS, JavaScript, SQL, Java (Spring)
  • 研修講師: HTML/CSS, JavaScript, SQL, PHP + Laravel, Linux
  • 研修講師: Python + データ解析 + 人工知能
  • 研修講師: 統計学

発表実績

(*) は代表著者

筆頭論文

  • Mass++: A Visualization and Analysis Tool for Mass Spectrometry
    Satoshi Tanaka (*), Yuichiro Fujita, Howell E. Parry, Akiyasu C. Yoshizawa, Kentaro Morimoto, Masaki Murase, Yoshihiro Yamada, Jingwen Yao, Shin-ichi Utsunomiya, Shigeki Kajihara, Mitsuru Fukuda, Masayuki Ikawa, Tsuyoshi Tabata, Kentaro Takahashi, Ken Aoshima, Yoshito Nihei, Takaaki Nishioka, Yoshiya Oda, and Koichi Tanaka
    J. Proteome Res., 2014, 13 (8), pp 3846–3853
    (PubMed: 24965016)

共著者論文

国際学会口頭発表 (筆頭)

  • Introduction of MS analysis software Mass++
    [Evening Seminar] Funding Program for World-Leading Innovative R&D on Science and Technology (FIRST) Tanaka ms3d Project
    HUPO 2013 Yokohama, Japan
  • Mass++: A Visualization and Analysis Tool for Mass Spectrometry
    [Workshop] Mass++ and MassBank: Tools for Data Processing and Database on PC
    IMSC 2012 Kyoto, Japan

海外/国際 学会ポスター発表 (筆頭)

  • Mass++ ver.4 -MS data viewer meets online databases-
    Satoshi Tanaka, Masaki Murase, Masaki Kato, Hiroyuki Yamamoto, Tsuyoshi Tabata, Maiko Kusano, Shin Kawano, Susumu Goto, Yasushi Ishihama, Akiyasu C. Yoshizawa
    HUPO 2022 Cancun, Mexico
  • An extension of Mass++ ver.4, a data viewer, for proteome analysis
    Satoshi Tanaka, Masaki Murase, Masaki Kato, Tsuyoshi Tabata, Maiko Kusano, Shin Kawano, Susumu Goto, Yasushi Ishihama, Akiyasu C. Yoshizawa
    ASMS 2020 Reboot (Online)
  • Mass++ ver.4: an open-source, simple and extensible MS data viewer
    Satoshi Tanaka, Masaki Murase, Masaki Kato, Tsuyoshi Tabata, Maiko Kusano, Shin Kawano, Susumu Goto, Yasushi Ishihama, Akiyasu C. Yoshizawa
    HUPO 2019 Adelaide, Australia
  • Mass++ ver.4: An Open-Source, Quick and Simple Data Viewer
    Satoshi Tanaka, Masaki Murase, Tsuyoshi Takahashi, Masaki Kato, Maiko Kusano, Shin Kawano, Akiyasu C. Yoshizawa, Susumu Goto, Yasushi Ishihama
    ASMS 2018 San Diego, CA, USA
  • Identification and label-free quantitation of mass spectrometric data via freely available plug-in software, Mass++
    Satoshi Tanaka, Yuichiro Fujita, Akiyasu C. Yoshizawa, Shin-ichi Utsunomiya, Shigeki Kajihara, Mitsuru Fukuda, Masayuki Ikawa, Kentaro Takahashi, Tsuyoshi Tabata, Ken Aoshima, Yoshiya Oda, Koichi Tanaka
    HUPO 2013 Yokohama, Japan
  • Development of a client tool for a mass spectra database
    Satoshi Tanaka, Shigeki Kajihara, Shinichi Utsunomiya, Tsuyoshi Tabata, Ken Aoshima, Yoshiya Oda, Yoshito Nihei, Takaaki Nishioka, Koichi Tanaka
    ASMS 2011 Denver, CO, USA
  • Mass++ is a plug-in type universal freeware for viewing and manipulating large scale LC/MS data
    Satoshi Tanaka, Ken Aoshima, Yuji Miura, Yoshiya Oda
    ASMS 2009 Philadelphia, PA, USA
  • Mass++: An universal & plug-in style software form mass spectrometer
    Satoshi Tanaka, Ken Aoshima, Yuji Miura, Tsuyoshi Tabata, Yoshiya Oda
    ASMS 2008 Denver, CO, USA

海外/国際 学会ポスター発表 (共著)

  • Controlling false discovery rate in accumulated public proteome dataset
    Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Yuki Moriya, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Naoyuki Sugiyama, Satoshi Tanaka, Susumu Goto, Yasuhi Ishihama
    ASMS 2017, Indianapolis, IN, USA
  • A simple and fast label-free quantitation algorithm for LC-MS
    Ken Aoshima, Masayuki Ikawa, Takayuki Kimura, Mitsuru Fukuda, Kentaro Takahashi, Satoshi Tanaka, Yuichiro Fujita, Akiyasu C. Yoshizawa, Shin-ichi Utsunomiya, Shigeki Kajihara, Koichi Tanaka, Yoshiya Oda
    HUPO 2013 Yokohama, Japan
  • New plug-ins for freely available Mass++ software to identify biomolecules
    Kentaro Morimoto, Takashi Nishikaze, Satoshi Tanaka, Masaki Murase, Shin-ichi Utsunomiya, Shigeki Kajihara, Tsuyoshi Tabata, Ken Aoshima, Yoshiya Oda, Koichi Tanaka
    ASMS 2013 Minneapolis, MN, US
  • A platform for mass spectrometry to construct suitable software to achieve user’s own purposes
    Shin-ichi Utsunomiya, Satoshi Tanaka, Masaki Murase, Shigeki Kajihara, Tsuyoshi Tabata, Ken Aoshima, Yoshiya Oda, Koichi Tanaka
    ASMS 2013 Minneapolis, MN, USA
  • Rapid development of functional extensions for mass spectrometry using freeware Mass++
    Howell E Parry, Satoshi Tanaka, Tsuyoshi Tabata, Ken Aoshima, Yoshiya Oda, Shinichi Utsunomiya, Shigeki Kajihara, Koichi Tanaka
    IMSC 2012 Kyoto, Japan
  • Peak Detection Method in Mass++ – A Protein Analysis Platform in Mass Spectrometry
    Jingwen Yao, Satoshi Tanaka, Howell Parry, Shin-ichi Utsunomiya, Shigeki Kajihara, Koichi Tanaka, Tsuyoshi Tabata
    AOHUPO 2012 Beijing, China
  • AB3D: A suite of Algorithms for Biomarker Discovery in Diagnostics and Drug Development using LC-MS
    Ken Aoshima, Satoshi Tanaka, Yuji Miura, Yoshiya Oda, Tatsuji Nakamura, Hiromi Ohashi, Masataka Ueda, Akiyoshi Suganuma, Junro Kuromitsu
    ASMS 2008 Denver, CO, USA
  • Profiling of cationic metabolites in human CSF by LC/MS
    Khin Than Myint, Ken Aoshima, Satoshi Tanaka, Tatsuji Nakamura, Yoshiya Oda
    ASMS 2008 Denver, CO, USA
  • A Visualization Tool for Gene Network Discovery – G.NET
    Ken Aoshima, Masayuki Ikawa, Satoshi Tanaka, Koji Yanagisawa, Kim Sun Yong, Naoki Nariai, Seiya Imoto, Satoru Miyano
    GIW 2002 Yokohama, Japan

国内学会口頭発表 (共著)

  • プロテオーム統合データベース jPOST : 質量分析データ・リポジトリ
    奥田 修二郎, 渡辺 由, 守屋 勇樹, 河野 信, 山本 格, 松本 雅記, 高見 知代, 小林 大樹, 荒木 令江, 吉沢 明康, 田畑 剛,  杉山 直幸, 田中 聡, 五斗 進, 石濱 泰
    日本プロテオーム学会年会 2017 大阪
  • jPOST 再解析プロトコル : 偽陽性と偽陰性の同時現象を目指す
    吉沢 明康, 田畑 剛, 守屋 勇樹, 河野 信, 奥田 修二郎, 渡辺 由, 山本 格, 松本 雅記, 高見 知代, 小林 大樹, 荒木 令江, 杉山 直幸, 田中 聡, 五斗 進, 石濱 泰
    日本プロテオーム学会年会 2017 大阪
  • jPOST : プロテオーム統合データベースの開発
    守屋 勇樹, 河野 信, 奥田 修二郎, 渡辺 由, 山本 格, 松本 雅記, 高見 知代, 小林 大樹, 荒木 令江, 吉沢 明康, 田畑 剛, 杉山 直幸, 田中 聡, 五斗 進, 石濱 泰
    日本プロテオーム学会年会 2017 大阪
  • データベース検索エンジンを用いたタンパク質同定における特異性向上
    吉沢 明康, 田畑 剛, 守屋 勇樹, 河野 信, 奥田 修二郎, 渡辺 由, 山本 格, 松本 雅記, 高見 知代, 小林 大樹, 荒木 令江, 杉山 直幸, 田中 聡, 五斗 進, 石濱 泰
    日本質量分析学会 質量分析総合討論会 2017 つくば

国内学会ポスター発表 (筆頭)

  • オープンソース版 Mass++: ピーク検出機能の拡充
    田中 聡, 太田 悠葵, 津本 裕樹, 草野 麻衣子, 吉沢 明康, 三浦 ゆり, 川崎 ナナ, 五斗 進
    日本質量分析学会 質量分析総合討論会 2016 大阪
  • オープンソース版 Mass++ によるオミックス解析
    田中 聡, 津元 裕樹, 太田 悠葵, 村瀬 雅樹, 吉沢 明康, 川崎 ナナ, 五斗 進
    日本分子生物学会年会・日本生化学会合同大会 2015 神戸
  • オープンソース版 Mass++ とプロテオーム解析
    田中 聡, 村瀬 雅樹, 吉沢 明康, 五斗 進
    日本プロテオーム学会年会 2015 熊本
  • オープンソース版 Mass++
    田中 聡, 吉沢 明康, 五斗 進
    日本質量分析学会 質量分析総合討論会 2015 つくば
  • Mass++: 同定機能と翻訳後修飾文献DBとの連携
    田中 聡, 吉沢 明康, 田畑 剛, 草野 麻衣子, 青島 健, 宇都宮 眞一, 梶原 茂樹, 小田 吉哉, 田中 耕一
    日本質量分析学会 質量分析総合討論会 2014 大阪
  • Mass++, Mass Bank を用いた脂質同定システムの構築
    田中 聡, 吉沢 明康, 草野 麻衣子, 藤田 雄一郎, 福田 充, 宇都宮 眞一, 梶原 茂樹, 田畑 剛, 高橋 健太郎, 青島 健, 小田 吉哉, 二瓶 義人, 西岡 孝明, 田中 耕一
    日本医用マススペクトル学会年会 2013 神戸
  • Mass++: 質量分析データの一括解析
    田中 聡, 藤田 雄一郎, 吉沢 明康, 福田 充, 宇都宮 眞一, 梶原 茂樹, 青島 健, 小田 吉哉, 田中 耕一
    日本質量分析学会 質量分析総合討論会 2013 つくば
  • 質量分析用プラグイン形万能ソフトウェア Mass++ 開発の現状
    田中 聡, 青島 健, 三浦雄治, 小田 吉哉
    日本質量分析学会 質量分析総合討論会 2009 大阪
  • 質量分析用プラグイン型万能ソフトウェア Mass++ の開発 [ポスター賞受賞]
    田中 聡, 青島 健, 三浦 雄治, 田畑 剛, 小田吉哉
    日本質量分析学会 質量分析総合討論会 2008 つくば
  • 質量分析用プラグイン型万能ソフトウェア Mass++ の開発
    田中 聡, 青島 健, 三浦 雄治, 田畑 剛, 小田 吉哉
    メタボロームシンポジウム 2007 東京

国内学会ポスター発表 (共著)

  • jPOSTdb: COVID-19データベースの構築
    吉沢 明康, 守屋 勇樹, 小林 大樹, 張 智翔, 奥田 修二郎, 田畑 剛, 河野 信, 幡野 敦, 高見 知代, 松本 雅記, 山ノ内 祥訓, 荒木 令江, 岩崎 未央, 杉山 直幸, 福島 敦史, 田中 聡, 五斗 進, 石濱 泰
    トーゴーの日 2021 オンライン
  • jPOSTリポジトリの機能強化
    渡辺 由, 奥田 修二郎, 守屋 勇樹, 河野 信, 松本 雅記, 高見 知代, 小林 大樹, 幡野 敦, 山ノ内 祥訓, 荒木 令江, 吉沢 明康, 田畑 剛, 岩崎 未央, 杉山 直幸, 田中 聡, 五斗 進, 石濱 泰
    トーゴーの日 2020 オンライン
  • jPOST 統合環境の機能深化と連携基盤強化
    守屋 勇樹, 河野 信, 奥田 修二郎, 渡辺 由, 松本 雅記, 高見 知代, 小林 大樹, 山ノ内祥訓, 荒木 令江, 吉沢 明康, 田畑 剛, 岩崎未央, 杉山 直幸, 田中 聡, 五斗 進, 石濱 泰
    トーゴーの日 2019 東京
  • jPOST: 質量分析生データを最大限に活用するためのメタデータキュレーション
    小林 大樹, 荒木 令江, 奥田 修二郎, 渡辺 由, 守屋 勇樹, 河野 信, 山本 格, 松本 雅記, 高見 知代, 吉沢 明康, 田畑 剛, 岩崎 未央, 杉山 直幸, 田中 聡, 五斗 進, 石濱 泰
    日本質量分析学会・日本プロテオーム学会 合同年会 2018 大阪
  • jPOST：プロテオーム統合データベースプロジェクト
    奥田 修二郎, 渡辺 由, 守屋 勇樹, 河野 信, 山本 格, 松本 雅記, 高見 知代, 小林 大樹, 荒木 令江, 吉沢 明康, 田畑 剛, 杉山 直幸, 田中 聡, 五斗 進, 石濱 泰
    トーゴーの日 2017 東京
  • jPOST: メタデータのキュレーション
    小林 大樹, 荒木 令江, 奥田 修二郎, 渡辺 由, 守屋 勇樹, 河野 信, 山本 格, 松本 雅記, 高見 知代, 吉沢 明康, 田畑 剛, 杉山 直幸, 田中 聡, 五斗 進, 石濱 泰
    トーゴーの日 2017 東京
  • jPOST データベースの開発
    守屋 勇樹, 河野 信, 奥田 修二郎, 渡辺 由, 山本 格, 松本 雅記, 高見 知代, 小林 大樹, 荒木 令江, 吉沢 明康, 田畑 剛, 杉山 直幸, 田中 聡, 五斗 進, 石濱 泰
    トーゴーの日 2017 東京
  • jPOST: タンパク質発現絶対量sliceの開発
    松本 雅記, 高見 知代, 守屋 勇樹, 河野 信, 奥田 修二郎, 渡辺 由, 山本 格, 小林 大樹, 荒木 令江, 吉沢 明康, 田畑 剛, 杉山 直幸, 田中 聡, 五斗 進, 石濱 泰
    トーゴーの日 2017 東京
  • jPOST: Integrated database for proteomes
    Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Yuki Moriya, Shin Kawano, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama, Satoshi Tanaka, Susumu Goto, Yasushi Ishihama
    生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2017) 北海道
  • ヒトマルチオミクスデータのRDF化と横断検索
    河野 信, 若栗 浩幸, 田中 聡, 鈴木 穣, 菅野 純夫
    トーゴーの日 2016 東京
  • Open-sourced Mass++ for Mass Spectrometric Data Analysis
    村瀬 雅樹, 田中 聡, 吉沢 明康, 五斗 進
    生命医学情報学連合大会 2015 京都
  • Mass++: 差異解析のための統計・多変量解析機能
    藤田 雄一郎, 船越 なつ美, 田中 聡, 山田 賢志, 岩本 慎一, 宇都宮 眞一, 梶原 茂樹, 青島 健, 小田 吉哉, 田中 耕一
    日本質量分析学会 質量分析総合討論会 2013 つくば
  • 質量分析用データ解析ソフトウェア Mass++ とマススペクトルデータベース MassBank 連携プラグインの開発
    青島 健, 福田 充, 井川 幹之, 高橋 健太郎, 木村 剛之, 梶原 茂樹, 宇都宮 眞一, 田中 聡, 吉沢 明康, 田中 耕一, 池田 奨, 二瓶 義人, 西岡 孝明, 小田 吉哉
    日本質量分析学会 質量分析総合討論会 2013 つくば
  • Mass++: 質量分析のピーク情報検出技術の開発
    宇都宮 眞一, 姚 精文, 藤田 雄一郎, 田中 聡, 山田 賢志, 梶原 茂樹, 川畑 慎一郎, 田畑 剛, 高橋 健太郎, 青島 健, 小田 吉哉, 田中 耕一
    日本質量分析学会 質量分析総合討論会 2013 つくば
  • Mass++: 質量分析データによる構造解析機能 – 糖鎖データベース検索を中心に
    森本 健太郎, 西風 隆司, 田中 聡, 村瀬 雅樹, 船越 なつ美, 福山 裕子, 児嶋 浩一, 宇都宮 眞一, 梶原 茂樹, 高橋 健太郎, 福田 充, 青島 健, 小田 吉哉, 田中 耕一
    日本質量分析学会 質量分析総合討論会 2013 つくば
  • Mass++ の開発:質量分析解析用 ”Platform Viewer”
    宇都宮 眞一, 田中 聡, 村瀬 雅樹, 田畑 剛, 青島 健, 小田 吉哉, 梶原 茂樹, 田中 耕一
    日本医用マススペクトル学会年会 2012 名古屋
  • Mass++ 2.0.0: 質量分析解析フリーウェアの新バージョン
    Howell Parry, 田中 聡, 田畑 剛, 青島 健, 小田 吉哉, 二瓶 義人, 西岡 孝明, 宇都宮 真一, 梶原 茂樹, 田中 耕一
    日本質量分析学会 質量分析総合討論会 2011 大阪
  • Windows 版 MassBank をグループウェアとして利用する
    池田 奨, 二瓶 義人, 田中 聡, 蓬莱 尚幸, 青島 健, 小田 吉哉, 西岡 孝明
    日本質量分析学会 質量分析総合討論会 2010 つくば
  • 疾病の診断、創薬研究に向けた３次元アライメントによるマーカー探索手法 (AB3D) [ポスター賞受賞]
    青島 健, 田中 聡, 三浦 雄治, 小田 吉哉, 中村 立二, 大橋 洋美, 上田 正隆, 菅沼 彰純, 黒光 淳郎
    日本質量分析学会 質量分析総合討論会 2008 つくば
  • LC/MS によるヒトCSF中塩基性代謝物のプロファイリング
    Khin Myint, 青島 健, 田中 聡, 中村 立二, 小田 吉哉
    日本質量分析学会 質量分析総合討論会 2008 つくば
  • 大腸菌由来安定同位体標識代謝物を利用した定量的メタボローム解析法の検討
    上原 泰介, 横井 晃, 青島 健, 田中 聡, 田中 政行, 小田吉哉
    日本質量分析学会 質量分析総合討論会 2008 つくば

その他発表

  • 質量分析データ表示ツール Mass++
    質量分析インフォマティクス・ハッカソン・シンポジウム 2018 徳島
  • Mass++ ver.4: オープンソース質量分析データビューア開発の現状と今後の展望
    環境化学討論会 2018 沖縄 – 共催企画「環境化学を加速する質量分析インフォマティクス」
  • 質量分析を取り巻くソフトウェアの現状
    生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2017) 北海道 – BoF (Birds of Feather) 「質量分析とケモインフォマティクスの実りある連携」
  • Made in Japan のオープンソース・ソフトウェアを世界へ・・・質量分析データ表示・解析ソフト Mass++ の現状と今後の展望
    質量分析インフォマティクス研究会 2016年度ワークショップ 東京
  • 質量分析を取り巻くソフトウェアの現状 -Made in Japanを世界へ-
    質量分析学会 明日の質量分析を創る若手討論会 2013 伊東
  • Mass++ で MassBankの検索機能を利用する
    日本質量分析学会 第128回 関西談話会 「MassBank: ESI-MS/MSの解釈からデータベース構築まで」 2010 大阪
  • Mass++ によるMassBank の検索、データ出力
    日本質量分析学会 第133回 関東談話会 「MassBankおよびアノテーション講習会 (低分子・代謝物のマススペクトルデータベースの実習)」 2010 東京
  • Mass++ を使って MassBank データの作成、検索をする
    日本質量分析学会 第122回 関西談話会 「マススペクトルデータベースMassBankの講演と体験」 2010 大阪
  • Mass++ を MassBank のクライアントとして利用する
    日本質量分析学会 第132回 関東談話会 「マススペクトルデータベースMassBankの利用とインハウス・データベースの構築」 2009 横浜
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